第1話『復活！！チームドラゴン！！』
高度な技術を要する心臓手術・バチスタ手術を成功させた後、「チームドラゴン」は解散。朝田龍太郎（坂口憲二）は再び難民キャンプの医師として活動をしていた。その後、明真大学付属病院の患者数は激減。病院に残ったメンバー、伊集院登（小池徹平）、里原ミキ（水川あさみ）は経営に不安を覚え、麻酔医の荒瀬門次（阿部サダヲ）は明真にいるものの覇気がなく、内科医、藤吉圭介（佐々木蔵之介）は地方の病院に勤務していた。そんな時、チームドラゴンのメンバーに明真再建とチーム再結成を訴える差出人不明のメールが届き、ほぼ時を同じくして病院経営再建のため、野口賢雄（岸部一徳）が、リスクマネージメント部長として復帰する。 そんな折、明真の間近でひき逃げされて、重症を負った片岡一美（内田有紀）がＥＲに搬送される。誰もがあきらめかけたちょうどそのとき、朝田が現れて片岡を救う。帰国した朝田に、野口は公開手術(手術の映像を別会場に生中継し、そこに集まった医師たちからの質問を受けながら執刀する手術)を持ちかけた。そこに藤吉も現れた。自分を頼ってきた妊娠7カ月の拡張型心筋症の患者、富樫ゆかり（りょう）の手術をチームドラゴンの手に委ねるためだ。リスクの高いこの手術を野口が認めるわけがない。しかし、朝田によって一命をとりとめた医療ジャーナリストだと言う片岡が、野口を説き伏せる。
第2話『捨てられる患者』
朝田龍太郎（坂口憲二）は、心臓移植認定施設を旗頭にした大規模病院、メイシンメディカルシティーの建設を３年後に行おうとする野口賢雄（岸部一徳）の切り札。朝田を中心に優秀な医師を集め、病院の名を高めて患者数を増やすのが狙いだ。そのために、北洋病院のオーナー、片岡一美（内田有紀）と業務提携。片岡は、優秀な医師を明真に送り込み、逆に明真からは金にならない患者を引き受ける。ゆくゆくは、北洋病院をつぶし、富裕層専門に特化した人間ドッグにする腹積もりだ。 そんなある日、明真に西沢孝文（牟田悌三）という老患者が、孫の翔太（山本裕典）に付き添われて現れた。西沢は、受付で心臓の不調を訴えるのだが、応対した看護師は何度来ても診察結果は変わらないとにべもない。様子を見ていた伊集院登（小池徹平）に、木原毅彦（池田鉄洋）は、ただのクレーマーだと言い切る。 しかし、その西沢を藤吉圭介（佐々木蔵之介）が診察。朝田、伊集院も加わり、重大な心疾患が認められる。だが、この患者の受け入れ、いや西沢に関わる事を野口が拒絶。従わない朝田、伊集院、藤吉は明真を追われ、北洋へ移動となる。 朝田たちの他にも、医師たちの北洋への異動が行われる。血管外科の外山誠二（高橋一生）、麻酔科の小高七海（大塚寧々）、消化器外科の松本幸太朗（佐藤二朗）らだ。彼らは、いずれも何らかの問題を抱えていて・・・。
第3話『その手術は失敗する』
朝田龍太郎(坂口憲二)、伊集院登(小池徹平)、藤吉圭介(佐々木蔵之介)は、老患者、西沢孝文(牟田悌三)の扱いで野口賢雄(岸部一徳）に逆らい、北洋病院に左遷された。元チームで、明真大学付属病院に残ったのは、荒瀬門次（阿部サダヲ）と里原ミキ（水川あさみ）だけ。だが、朝田は北洋病院院長、善田秀樹(志賀廣太郎)に新たなチームを作ると宣言する。 一方、片岡一美（内田有紀）は朝田の去ったメイシンメディカルシティー構想に、鬼頭笙子（夏木マリ）を用意し、北洋を静かにつぶす計画を進行しつつあった。 その頃、伊集院は北洋勤務の医師たちのやる気のなさに唖然。明真から自分たちと一緒に飛ばされた麻酔医、小高七海（大塚寧々）、外科医の外山誠二（高橋一生）もしかり。もとから北洋にいる松平幸太朗（佐藤二朗）に至っては、医局で酒を飲んでいる始末だ。 伊集院がへきえきしていると、西沢が運び込まれた。すぐさま朝田はＩＣＵへ運ばせ、緊急手術に入る。藤吉はミキから西沢の明真での手術記録のコピーを入手。開胸した朝田は、腫瘍と思われた部分がのガーゼオーマ（手術時の止血ガーゼの取り忘れ）だったと知る。朝田は、手術をガーゼオーマの摘出に変更。心尖部を残すのみとなった時、外山が交代を申し出た。朝田が応じて、外山が剥離しようとした時、それは起きた。バッキング…。不慣れな麻酔医が薬を効かせきれなかったため、西沢の体が反応し、大きく揺れたのだ。外山は心尖部を傷つけ、大量の出血をさせてしまう。 そこに、伊集院が小高を連れて来た。患者の急変にも動じない小高。朝田はそんな小高を横目に冷静にリペアを進めていく。その作業を見つめていた小高は、若い麻酔医に秘かに指示を出し始めた。朝田の迅速な処置で、西沢のオペは終了。朝田は、小高の動きも見逃してはいなかった。 朝田と伊集院、藤吉は西沢の術後カンファレンス。そこで藤吉はミキが持ってきた明真での手術記録を見せる。その記録は明らかに改ざんされていた。執刀医は別の人物となっていたが、真の執刀医は野口であったことが推測された。憤る伊集院、藤吉は西沢に真相を話すことを決意。次第によっては、医療裁判にも進展する重大事だ。 翌日、決意を胸に伊集院、藤吉、そして朝田は西沢の病室へ。だが、そこには片岡がいた。片岡は野口の西沢への伝言を預かってきたと言い、見舞金を携えている。先回りして患者の口封じをしようとする片岡に、伊集院、藤吉は愕然とするのだが…。
第4話『絶対殺せない患者』
朝田龍太郎（坂口憲二）たちが移籍した北洋病院だが、あいかわらず患者は増えず、受け付けには閑古鳥が鳴く。院長の善田秀樹（志賀廣太郎）は、藤吉圭介（佐々木蔵之介）にチーム作りの状況を尋ねるが、何分、日が浅く人員確保は難しい。 そんな中、朝田は麻酔医の小高七海（大塚寧々）に注目。小高が前回のガーゼオーマのオペで、若い麻酔医に的確な指示をしたからだ。 腹痛を訴えた矢沢真理絵（柳田衣里佳）が緒方美羽（黒川智花）に、付き添われ北洋に搬送された。急性虫垂炎だった真理絵は、朝田の執刀で回復。しかし、真理絵のオペ中、手際の悪いMEの野村博人(中村靖日)を外山誠二（高橋一生）が怒鳴り散らす。その声に、さらに萎縮してしまう野村・・・。 その頃、明真では鬼頭笙子（夏木マリ）が自ら組織したエリート医師団、”チーム鬼頭”を引き連れてカンファレンスを始めようとしていた。そのチームには、荒瀬門次（阿部サダヲ）も入れられている。 一方、野口賢雄（岸部一徳）は、片岡一美（内田有紀）と打ち合わせ。片岡は、明真を心臓移植実施施設にするためには、実績だけでなく許認可のためのコネが必要だと話す。その夜、片岡は元厚生労働大臣、恩田哲三議員（竜雷太）と会食。許認可への根回しを始めた。 北洋では手術を終えた真理絵を美羽が見舞う。真理絵は、胸痛を訴えていた美羽に朝田に診てもらえと勧める。だが、美羽は朝田に相談できない。 何度も真理絵の見舞いに来る美羽だが、相変わらず朝田には話ができない。そんな美羽に小高が声をかけた。痛みを訴える美羽の胸に触れた小高の顔色が一瞬変わる。ちょうどそこに朝田が現れた。小高はすれ違う朝田に、美羽の症状を告げる。 そして手術が必要な美羽に、朝田は自分たちが必ず助けると約束するが、美羽の父親は実は恩田議員だった。美羽の病気を知った片岡は･･･。
第5話『決行！！運命の無輸血手術』
朝田龍太郎（坂口憲二）を信用して北洋病院に入院した緒方美羽（黒川智花）。だが、美羽が政治家、恩田哲三（竜雷太）の娘と知った片岡一美（内田有紀）と野口賢雄（岸部一徳）は、彼女を明真大学付属病院に転院させてしまう。しかし、美羽の血液が極めて希少な型と判明。危険をはらむ手術に野口は頭を抱える。ところが、美羽が明真を抜け出し北洋病院の前で倒れた。すぐさま、緊急オペとなるのだが・・・。 藤吉圭介（佐々木蔵之介）は美羽と同型の血液を必死に探すが、見つからない。そんな時、麻酔医が美羽と同じ血液の患者を手術した教授を思い出す。その教授は伊集院登（小池徹平）が知っていた。朝田と藤吉は、伊集院に教授に連絡して患者を紹介してもらい、血液を確保してくるよう指示する。伊集院は、門脇というその患者の家へと急ぐ。 一方では、朝田が、外山誠二（高橋一生）を助手に美羽のオペ開始を宣言。輸血が出来ないため、血液の循環を止めての手術だ。循環停止できるのは40分が限度。朝田は、驚愕のスピードで手術を進めるが、途中、重大な問題が発生。美羽の患部が術前検査よりも拡大していたのだ。 その頃、善田秀樹（志賀廣太郎）がようやく美羽と同型の血液を探し当てた。400ccとわずかではあるが、すぐに届けるよう手配。一方、伊集院は買い物に出かけた門脇をショッピングモールで探す。そこに、木原毅彦（池田鉄洋）が駆けつけて手伝うが、門脇は見つからない。 当初の終了予定時刻が迫る。まだ、手術は肝心の部分を残したまま。すると朝田は、野村博人（中村靖日）に人工心肺を回すよう指示。高度な管理を求められる野村は怖じ気づいて首を振る。朝田は、チームで全てをサポートすると野村を説得。ようやく野村が意志を固めた時、手術室に小高七海（大塚寧々）が現れ・・・。
第6話『もう1人の天才外科医・・・』
朝田龍太郎（坂口憲二）の噂を聞き、その腕を頼る患者たちが、北洋病院に少しずつ集まりだした。だが、朝田のチーム作りはなかなか進まない。外科医の外山誠二（高橋一生）は、相変わらず朝田にライバル心をむき出しだ。 医局員たちも、朝田のオペ時間が迫ると、見学室へと急ぐ。そんな時、五代明代（草村礼子）が搬送されるとの連絡が入った。付き添いの夫の昭三（山田吾一）は、朝田の執刀を求めていた。応対する医局員は朝田が手術中だと告げようとするが、外山がその受話器を奪い、朝田はいると答える。 どうやら、外山は自ら明代の手術にあたろうとしている様子。朝田への対抗心をさらにむき出しにした外山は、明代の手術を朝田の手術より早く終わらせ、自らの腕に自慢げ。 明真大学付属病院では、鬼頭笙子（夏木マリ）のチームが続々と成功させる生体肝移植手術に野口賢雄（岸部一徳）がご満悦。野口は、これを受けて心臓移植の認定に向けてのさらなる準備を進めようとしていた。 片岡一美（内田有紀）の北洋つぶしも進行。院長の善田秀樹（志賀廣太郎）が提出したさまつな電気設備修繕費の要求を拒否し、次期富裕層専門人間ドッグ設立に向けての高額医療検査機器導入を優先させる。 その夜、不吉な台風が病院に迫る。すさまじい落雷とともに病院が停電。外山は看護師から明代の心停止を知らされる。外山が駆けつけると、すでに伊集院登（小池徹平）が心臓マッサージを始めていた。停電でエレベーターが動かないため、この場で開胸することに。明代を開胸してみると、外山の手術ミスが発覚。明らかに動揺した外山の手が止まってしまう。そこに、朝田が現れ･･･。
第7話『復活！！スーパードクター』
北洋病院で進める朝田龍太郎（坂口憲二）のチームに、外山誠二（高橋一生）が加わった。だが、麻酔医の小高七海（大塚寧々）には、その意志はない様子。 そんな時、松平幸太朗（佐藤二朗）に”スーパードクター”と呼びかける少女、高見香奈（川島海荷）と、その母親、紀枝（高橋ひとみ）が訪ねて来た。実は松平は数年前、この母子の生体肝移植を成功させており、食道がんを患っている紀枝は、松平のいる北洋ならと頼ってきたのだが･･･。どうやら、紀枝は食道がんだけではなく、野口賢雄（岸部一徳）が北洋への転院をすすめたらしい。 一方、北洋では、入院してきた紀枝に対して医師たちは早急な手術を求めるが、松平は放射線治療と投薬で様子をみようと、手術を避ける。 そして、明真では野口が片岡一美（内田有紀）と会っていた。野口は、朝田が着任してから少なからず上がっていく北洋の人気が面白くない。片岡は、野口の不満を取り除こうと、鬼頭笙子（夏木マリ）を一流マスコミに取り上げさせ、明真の名を高めようとする。 医局のカンファレンスでは、朝田が紀枝の早急な手術を訴えるが、そこに、酔っ払った松平が入ってきた。松平がそこまでして手術を避ける理由とは･･･。そんなある夜、紀枝が大量吐血をする。その様子をみた朝田は･･･。
第8話『絶対に許せない麻酔医！！』
北洋病院に1人の少年の患者、黒田智樹（本郷奏多）が来る。少年の父親、黒田俊彦（野村宏伸）が朝田龍太郎（坂口憲二）の腕を頼って来たのだ。しかし、北洋病院に小高七海（大塚寧々）がいると知った俊彦の顔色が変わる。実は智樹は小高の息子で、智樹が幼い頃、ぜんそくの重積発作で治療を受けた時に小高は緊急手術で留守。しかも、智樹はその治療中の麻酔医のミスで片半身不随となり、以来、俊彦は小高のことを恨んでいた。当然、智樹の手術に小高が入らぬようにと朝田たちに注文をつける。 その頃、野口賢雄（岸部一徳）は、鬼頭笙子（夏木マリ）に心臓移植関連学会協議会のメンバーが明真大学付属病院に来るサイトビジットの日程が決まったことを報告。野口は明真が認定施設となる自分の夢が近づくことに満足していた。 一方、外山誠二（高橋一生）が朝田のチームに入ったことで伊集院登（小池徹平）は自信を失いつつあった。 イーグルパートナーズ社では、経過報告する片岡一美（内田有紀）が、上司から北洋の案件を詰めるよう責められる。 そして智樹の手術が始まる。小高は外され見学室にいたが･･･。
第9話『余命2ケ月！！奇跡の手術』
北洋病院の朝田龍太郎（坂口憲二）のもとに、母の音部美和（長野里美）に伴われた9歳の患者、雄太（田中碧海）が来た。朝田は、藤吉圭介（佐々木蔵之介）らチームの面々に雄太は2年前に自分がバチスタ手術をした患者だと説明を始める。雄太は、朝田がアフリカのNGOで働いていた時に手術したのだが、年を経て心機能が悪化。美和たち両親は心臓移植も考えたのだが、高額医療となるため手段が得られない。そのため、再び朝田の腕を頼ったのだ。 一方、明真大学附属病院では野口賢雄（岸部一徳）が自室で倒れていた。木原毅彦（池田鉄洋）が異常に気づいて応急手当。木原は狭心症を疑い、鬼頭笙子（夏木マリ）に報告しようとするが、野口が遮った。心臓移植関連学会協議会によるサイトビジットを成功するまでは、野口は自分の病気を鬼頭たちに知られるわけにはいかなかった。 北洋を後にする美和を見ていた片岡一美（内田有紀）に藤吉が声をかけた。雄太の病状を聞いた片岡は、対処法を尋ねる。藤吉は、わずかな望みに賭けるのが親で、移植の可能性がないからと放り出すわけにはいかないと答えた。 野口の病状は優れない。心配する木原に、野口は自分を救える医師は世界に1人しかいないとつぶやく。そして、野口は北洋に行き、院長の善田秀樹（志賀廣太郎）に助命を請う。次の日、善田は野口が北洋での治療を望んでいると朝田たちに告げる。その言葉に、新しいチームの面々は･･･そして、朝田の答えは･･･。
第10話『総力戦！！運命の心臓移植』
朝田龍太郎（坂口憲二）は野口賢雄（岸部一徳）の手術に成功。そして明真大学付属病院は心臓移植実施施設となるが、手術と交換条件として片岡一美（内田有紀）が提示した案件を野口は無視し、ビジネス関係を解消。さらに、朝田たちのチームの明真への受け入れも、音部雄太（田中碧海）の手術が成功したら･･･と、言う。 心臓移植実施施設認可後、第１号の心臓移植患者を手術することとなる鬼頭笙子（夏木マリ）の患者はＶＩＰ。一方、朝田も雄太の病状に関してチームを集めてカンファレンスを実施。だが、鬼頭の患者と比べ、９歳の雄太に心臓移植の順番が回ってくる可能性は極めて低い。 ある日、朝田は伊集院登（小池徹平）に鬼頭のチームに入るよう命令。朝田は鬼頭の心臓移植手術を学び雄太の手術に備えるようにと諭した。 そんな夜、雄太が肝硬変を発病。朝田は雄太の母親（長野里美）からの生体肝移植の実施を宣言。また、朝田は病気でくじけそうな雄太に、絶対に治すと約束した。 そして、雄太の生体肝移植手術の日。１本の電話が明真に入る。鬼頭の患者のドナーが見つかったのだ。鬼頭の命令で、伊集院は心臓を受け取りに向かう。そんな動きを知りながらも、朝田たちは雄太の生体肝移植手術に入った。鬼頭も心臓移植手術の準備を着々と進めていたが･･･。
第11話（最終回）『運命の4時間！！最後の手術』
朝田龍太郎（坂口憲二）のチームの9歳の患者、音部雄太（田中碧海）に、鬼頭笙子（夏木マリ）のチームで心臓移植手術を断念した山野文彦会長（中村まこと）へのドナー心臓が譲られることになった。雄太は松平幸太朗（佐藤二朗）の執刀で生体肝移植手術中だったが、朝田は心臓移植も同時に行うことを決意する。 手術が始まった。そのチームは、荒瀬門次（阿部サダヲ）曰く“最強のチーム”。大人のドナー心臓を子供の雄太に、しかも、生体肝移植と同時に行うことはとても困難な手術。しかも、雄太を開胸すると、想定以上の癒着が判明したが、朝田は冷静に手術を進める。 朝田たちの手術は、明真大学付属病院の医局員たちの耳目を集めだす。騒然とする医師たちの中、1人の男が明真に現れた。霧島軍司（北村一輝）だ。 見学室で片岡一美（内田有紀）が、なぜ外資に身を置くようになったかを藤吉圭介（佐々木蔵之介）に話していると、手術室で内線電話が鳴る。受話器を取った荒瀬は愕然。ドナー心臓を取りに行った伊集院登（小池徹平）が足止めを食っているという。それを聞いた片岡は･･･。 山中でさまよう伊集院が絶望感にさいなまれていると、ヘリコプターが現れた。片岡が手配したものだった。ドナー心臓は、なんとか間に合う。だが、癒着剥離が終わりそうもない。朝田は突然、癒着剥離終了を宣言して・・・。